El recorrido de Aizkorri comienza en el parking de Aldaola. Bien se puede subir desde Zegama, por el Kv Donejakue o bien se puede subir en coche para comenzar el recorrido desde más arriba. Para subir en coche, deberemos dirigirnos al alto del puerto de Otzaurte y frente a la Benta de Otzaurte cogeremos la pista de hormigón que sale a la derecha para introducirnos al Parque Natural. Desde este punto, recorreremos unos 8 kilómetros en coche para acceder al parking desde donde partirá nuestro recorrido. Desde el parking subiremos a Sancti Spiritu y desde aquí comenzaremos la misma subida que se realiza en la Maratón Zegama-Aizkorri. Después recorreremos el cresterío y bajaremos a las campas de Urbia, desde donde volveremos a ascender al pico de Andraitz (todo este recorrido es el de la maratón Zegama-Aizkorri). Desde Andraitz descenderemos un poco y volveremos a la ermita de Sancti Spiritu por la falda del cresterío del Aizkorri.
El recorrido está marcado en muchos tramos con los puntos amarillo de la Zegama-Aizkorri y la señalítica propia de la Estación de Trail. No obstante, y para su seguridad, es obligatorio el uso de GPS. La climatología puede cambiar rápidamente y causar pérdidas por la niebla. Los días de nieve o mal tiempo, parte de las señales no serán visibles.